南京安全区内的450名中国警察被日军作为“败残兵”押往南京城西门外，他们将被集体屠杀 照片后方的日本士兵用手推车搬运从商店里抢到的赃物。照片前方是大约五十具被害中国军人和平民的尸体。1938年1月10日 Life 杂志，第50页。 1937年12月13日《东京日日新闻》报导：日军少尉向井敏明和野田毅在进军南京途中相约进行“杀人竞赛”，商定在占领南京时先杀满100人者为胜。从句容到汤山，两人分别杀了89人和77人；到南京紫金山下时，两人各称杀了106人和105人；但是不知道谁先杀满100人，所以决定这次比赛不分胜负，重新比赛谁杀满150名中国人。向井和野田在战后被南京军事法庭判处死刑[63]。
屠杀
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参见：百人斩
日军在占领南京时，对城内外大规模“扫荡”，搜查隐匿在城内之中国士兵，即所谓“便衣队”；多数未来得及撤退之中国军人被俘[42]:131。大屠杀中最凶残的是谷寿夫中将的第6师团及中岛今朝吾中将的第16师团[43]:66。
日军攻占南京时在战场上俘虏数万中国官兵，在日军高层的授意下，这些俘虏都被集体屠杀。因为日军向来有宁死也不投降的玉碎传统，对投降的战俘抱有歧视，便采取“大体不保留俘虏的方针，故决定全部处理之”[64]:194。在搜捕“便衣兵”过程中，日军根据人们头上帽箍、肩上、手上之老茧作为判断是否军人之证据；但是很多平民也被抓走，即使躲在难民区之平民也不能幸免[42]:131。手法主要是集体枪杀和活埋，以机枪扫射百上万人，间以步枪点射、刺刀捅戮，焚尸灭迹[43]:66。日军将捕获之中国军民驱赶到长江边和南京郊外集体屠杀；同时日军还在南京大街小巷、住宅、寺庙、村庄等处随意杀人[42]:131。在占领南京后的几个星期里，日军毫无约束地在城内外游荡，随意杀害平民，被日军强奸、抢劫的受害人也往往被日军杀死灭口[65]。根据1946年中国南京审判日本战犯军事法庭调查，确认被日军集体屠杀并被毁尸灭迹有19万多人，被零散屠杀、尸体经过南京慈善团体掩埋达15万多具[42]:131。据统计，被集体屠杀的达19万人以上，加上零散屠杀，总计达30万人以上[43]:66。在东京审判之判决书中曾记载：“在日本军队占领的最初的6个星期里，南京及其周围被杀害的平民及俘虏就达20万人以上。……这个数字不包括抛尸长江、挖坑掩埋和以其他方式处分的人们在内。”[42]:131
日军对解除了武装的中国军警人员以及他们认为是可能参加过抗日活动和适合兵役年龄的中国青壮年，进行过若干次大规模的集体屠杀。二战后，南京军事法庭查证日军在南京犯下的集体屠杀有28案，19万余人受害[14]。
从12日深夜到13日，败退下来的几万中国溃兵和逃难平民蜂拥至挹江门外的下关一带，试图渡江逃离南京。13日，日本陆军第6师团、第13师团、第16师团从三个方向进攻下关，日本海军也逆流而上抵达下关江面，数万中国溃兵和平民被合围在下关沿江的狭长地带。在这一天，即日军占领南京的第一天，日军就杀害大量溃兵、降兵、俘虏以及难民[66]。
日军报称，13日清晨，第6师团步兵第45连队从长江上游向下关进军，途中歼灭一支正在逃离的中国大部队。第16师团从南京城东扑向下关，其中步兵第30旅团的先头部队上午10点抵达下关，用坦克炮和重机枪射杀在岸边聚集和正逃往江上的“溃兵”，用光1万5千发子弹；第33联队前进途中歼灭一千几百名前往下关的“溃兵”；第16师团主力的先头部队在下午2点30分到达下关，在岸边用重机枪及高速炮向在江上漂流的溃兵猛烈射击两个小时，使2,000多人葬身江中。第13师团的山田支队从长江下游沿南岸进击，下午占领乌龙山炮台后通过燕子矶向幕府山炮台前进，途中在幕府山北面长江南岸（即草鞋峡）遭遇大量溃兵和避难民众，山田支队至14日清晨共俘虏14,777人。同一天，日本海军第11战队突破乌龙山封锁线，逆流而上向南京进发，向江上顺流漂浮的溃兵用舰炮、机枪和步枪连续射击。据上海派遣军参谋长饭沼守的日记记录：“海军参谋松田的报告说，13日，11战队大部到达南京下游，歼灭1万乘木筏退逃的敌军。”事实上，日军在江边射杀的“败敌”和“残败兵”中不仅包括中国军人，无疑也有许多想逃出南京的中国平民[66]。
除了在下关江岸和江面的“歼灭战”，日军13日还杀害大量未能前往下关的溃兵和难民。在城东，大批溃兵和难民从紫金山与幕府山之间向东逃亡时，撞上在这一带扫荡的中岛今朝吾第16师团。该师团步兵第30旅团旅团长佐佐木到一在日记中记述道：“这天遗弃在我支队作战区域内的敌军尸体超过一万几千具，此外，再加上装甲车在江上歼灭的，以及各部队的俘虏，我们支队共解决两万以上的敌军。”[66][67]
留在南京的美国人贝茨曾看到日本人贴出告示，劝说中国人做日军劳动队的义工，并谎称过去曾是中国士兵或者参加过劳动队的人，只要参加劳动队即可既往不咎。贝茨注意到有200个男人在南京大学接受了这个条件，他们被押走后当晚就被处决了。贝茨在远东国际军事法庭上作证时讲述了此事，并因此在法庭上指控日军背信弃义。[68]:169
1937年12月13日，《东京日日新闻》（即现在的《每日新闻》）报导两名日本军官的“杀人竞赛”。日军第16师团富山大队副官野田毅、炮兵小队长向井敏明[43]:69，在其长官鼓励下，彼此相约“杀人竞赛”，商定从上海到南京时，谁先杀满100人为胜者。他们从上海杀到南京，向井敏明杀了89人，野田毅杀了78人，因皆未满100，“竞赛”继续进行。12月10日中午，两人在紫金山下相遇，彼此军刀已砍缺了口。野田谓杀了105人，向井谓杀了106人。又因确定不了是谁先达到杀100人之数，决定这次比赛不分胜负，重新比赛谁杀满150名中国人。这些暴行都一直在报纸上图文并茂连载，被称为“皇军的英雄”。《东京日日新闻》（即现在的《每日新闻》），连续刊登该报四名随军记者浅海、光本、安田、铃木分别从中国江苏省常州、丹阳、句容、南京等地发回的现场报道，详细报道了此二人在无锡横林镇、常州车站、丹阳奔牛镇、吕城镇、陵口镇、句容县城、南京紫金山等地刀劈百余人的经过。这些报道不仅仅时间、地点明确，杀人过程及数字清楚，而且同时还配发了照片。日本投降后，这两个战犯以在作战期间，共同连续屠杀俘虏及非战中人员“实为人类蟊贼，文明公敌”的罪名在南京进行审判并被执行枪决[63]。布拉德利·坎贝尔 (Bradley Campbell) 因为日军在成功且确定地占领南京后依旧对中国人进行单方面集体屠杀而将南京大屠杀描述为种族灭绝。[69]让-路易·马戈林则认为南京大屠杀不应被视为种族灭绝，因为在数千页的日记、信件、报告、电报、文章中，没有系统性地试图使南京人口消失的证据。[70]
强奸与性虐待
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日军进入南京后到处抢劫、纵火，南京城南最繁华之商业区和人口密集之住宅区是受害最严重之地区，主要街道几乎都成废墟；而在抢劫、纵火同时，日军还有组织或分散强暴妇女，甚至对在难民区避难之妇女也不放过，冲进那里对妇女强奸[42]:131。在日军占领南京之后一至两个月内，约有2万至8万名中国妇女遭到日军强奸。日军不分昼夜并在受害妇女的家人面前施行强暴。很多妇女被轮奸，有些妇女甚至会被日军强奸数次，类似的事件往往导致有妇女受不住日军的折磨而死。受害人如果试图保护她的亲属或是稍有反抗，往往就被日军杀死，母亲身边的孩子因为哭闹也经常被日军一并杀害。此外，日军还强迫乱伦行为，不从就加以杀害。日军对妇女的大规模强奸和虐杀直到1938年2月才有所收敛[71][15][72]。德国人约翰·拉贝在1938年1月14日给上海理事会主任W.迈尔之信：“约两万名妇女和姑娘被强奸。”[42]:131从10来岁的幼女到70岁的老妇，无一幸免；不仅遭蹂躏，还受割乳、剖腹等凌辱[43]:66。
日本政府与军方当时对日本国民新闻封锁，但南京大屠杀之暴行遭到世界舆论谴责[42]:131。约翰·马吉牧师记录了一起典型的强奸灭门惨案。12月13日，30个日兵闯入夏淑琴一家与房东居住的门东新路口5号，他们先杀死房东夫妻和夏淑琴的父亲，摔死了夏淑琴母亲怀里的1岁婴儿，之后轮奸母亲和另一个房间里16岁、14岁的两个姐姐，她的祖父母在试图保护孙女的时候被杀死。之后日兵杀死惨遭强奸的母女，并且在她们的阴道里插进瓶子和木棍。当时7岁的夏淑琴和她4岁的妹妹被刺刀扎伤，她们因为昏死过去而幸存下来。最后，日兵杀死房东的两个孩子，4岁孩子被刺死，2岁孩子被用军刀劈开脑壳[73]。
留在南京的南京大学美国籍历史系教授贝茨在远东国际军事法庭作证，三个临近住家的女人被强奸，而且发生了五次，在士兵强奸时他正好碰上。而他的一个朋友目睹了一位妇女被17个日本士兵接连不断地强奸。在12月15日，仅在南京大学的一栋楼里就有30个女大学生被强奸。三天后18个女孩在校园里六处不同的地方被日军士兵强奸。此外在南京大学校园内惨遭强奸的受害者包含9岁的小姑娘以及76岁的老妇。大学校园里的其余女性都处于极度恐慌的状态。而当时的日本驻华大使馆就位于南京大学旁边[68]:169。
日军在南京期间对女性的奸淫恶行是在军官默认、纵容、鼓动下的集团性暴力。日军发现女性就加以奸淫的现象非常普遍，而日军军官通常不会将其作为违纪行为加以处理。不仅如此，日军军官还把放纵士兵强奸作为鼓舞士气的工具。为了让部下发泄在上海战场上几个月的苦战中积郁的不满情绪并且鼓动部下进攻南京，日军军官向士兵宣传只要攻入南京“就可以拥有漂亮的姑娘”、“杀人、放火、强盗、强奸都可以”。日军举行入城仪式后，数万日军闯入城内，一周之内就有8,000以上中国女性遭到奸淫。魏特琳在金陵女子文理学院设立的收容所是日本士兵搜索“花姑娘”的主要目标之一。日军占领南京十几天后，罪行累累的各部陆续离开，而留在南京执行“警备”的第16师团仍然在长期进行强奸作案。1938年1月下旬，天谷支队接替16师团之后，强奸案件进一步增加了[74]。
日军正挥刀斩杀中国平民
劫掠与纵火
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南京沦陷之后的六个星期之内，日军几乎侵入城内所有的建筑物。据统计，城内外23.8%的建筑被纵火焚毁，63.0%的建筑遭到劫掠，因各种原因遭到破坏的建筑合计88.5%，这些破坏绝大多数都是日军在占领南京后造成的。
日军占领南京初期，5万日本士兵从中国难民那里抢夺大量生活用品和食物。此后的几个星期，日军闯入市内的建筑大规模抢掠，有的时候他们在军官的组织下将住宅、商店、机关、仓库等建筑洗劫一空，再用军用车辆把赃物运走，即使各国使馆也未能完全幸免。在占领南京后的一两年内，日军、日本宪兵还强占大量中国人的店铺、住宅和建筑，有的直接由日军占用，有的则无偿交给来到南京的日本平民。除了日本军人，少数日本随军记者也加入到抢掠的行径当中。
留在南京的南京大学美国籍历史系教授贝茨曾亲眼看到一支日军后勤队，这群士兵的队伍长三分之二英里，满载高等的红木和黑木家具。他在远东国际军事法庭作证时还说，作为日本盟友挂着德国国旗的德国商社也被纵火。[68]:169
12月18日，日军于南京故宫飞行场举办陆海军合同慰灵仪式。从12月19日或20日开始，日军开始在市内纵火。日军在洗劫商店之后，经常将其付之一炬。市区南部从中华门到内桥、从太平路到新街口以及夫子庙一带是南京主要的商业区，几乎全被烧光，整个市区约三分之一的建筑物被焚毁[65]:140-147。
中国文化珍品也遭到大掠夺。据统计，南京市共损失古物26,584件，计商代青铜器、玉器等珍贵文物，字画7,720幅、书籍45,979册[75]。